湘军、淮军等勇营的继续存在和练军的出现及其勇营化，不仅使督、抚自镇压太平天国以来所拥有的军权有增无减，而且使之成为洋务新政在军事方面的主要推行者。由督、抚统领的勇营，所以较之绿营有较强的战斗力，除了制度方面的原因之外，还有一个主要的原因是由于它较早、较多地使用了洋枪洋炮。1865年以后，督、抚不仅在其原有的勇营中继续提高使用洋枪洋炮的水平，并扩大到已归他们控制的绿营练军之中。既然要推广和增进洋枪洋炮的使用，就必然要提倡制造或购买洋枪洋炮及弹药装备，就必然要建设和推广军用工业。督抚统领勇营和练军的规模大小和时间早晚，也基本上使他们在洋务新政中有着不同的表现。
在人事方面，督、抚在镇压太平天国战争时获得的任免、奖惩地方各级军政官员的权力在战后继续保留下来。在战前，督、抚虽是数省或一省的军政最高长官，包括藩、臬两司在内的省内各级官员都是属员，但是地方的军队由提督、总兵直接主管，地方的财政、人事、司法则分别由藩、臬两司主管，他们分别为武职一、二品，文职二、三品大员，与督、抚既同为开列缺，由皇帝任免奖惩，又同有专折和密折奏事之权。道、府、县三级官员的任免，也有一套由吏部掌握的制度，督、抚只能依照制度行事。如其中的道员，全国共有93缺，请旨缺就占有65个，由军机处在记名道员中开单请旨任用，督、抚根本无法插手其任命。其他官员虽分归吏部和督抚，但既为各种规定所限制，又须奏报皇帝批准。