漠北蒙古的实力不如噶尔丹，奋力抵抗了一段时间后，还是失败了。几十万漠北蒙古人逃难，请求清王朝保护。
康熙派使者到噶尔丹那里，责令他把占领漠北蒙古的地方还给漠北蒙古，退回自己的地方去。噶尔丹根本没把清王朝的命令放在眼里，不但不退兵，反而还举兵攻打漠南蒙古。
康熙这下不高兴了。这时候的康熙已经平定了国内的叛乱，又收复了台湾，赶走了沙俄侵略者，正是志得意满、意气风发的时候，噶尔丹的行为是在挑战他的天子权威，他决定亲征噶尔丹。
御驾亲征可不是小事，一般来说，皇帝只要稳坐龙椅，坐镇京师遥控指挥即可。一国之主要亲临前线去指挥战斗，只能说明康熙帝这次真的被惹怒了。公元1690年，康熙帝兵分两路，左路由抚远大将军福全率领，右路由安北大将军常宁率领，康熙帝亲自带兵在后面指挥。
噶尔丹的实力还是不容小觑(18)的，右路军很快就被他打败了，他一路打到了离北京只有七百里的乌兰布通，气焰十分嚣张。
噶尔丹在大红山下摆了一个驼城，用来阻止清军进攻。所谓驼城，就是把上万只骆驼绑住四只脚，放倒在地，然后在上面放箱子、盖湿毡毯，用来掩护士兵。可惜，驼城经不住清军的火炮、火枪。清军一阵猛轰，就把驼城轰开了缺口，噶尔丹的士兵立刻被杀得七零八落。